С начала 1843 года генерал-губернатор Западной Сибири Горчаков предпринимает меры, чтобы выпроводить Карелина из Семипалатинска. У Карелина на этот счет были иные намерения, но Горчаков продолжает настаивать на его высылке, как «человека вовсе бесполезного». Новый министр финансов,   потакая Горчакову,  решает уволить Карелина со службы. Но Горчаков возразил, что  Карелин  после сего останется в Семипалатинске, «где присутствие его вредно по многим причинам и следовало бы объявить ему окончательный  кратчайший срок выезда, и в случае невыполнения выслать до границы Западной Сибири полицейскими мерами». Одновременно Горчаков пишет полное лицемерия Карелину письмо, в котором не скрывает своего злорадства. И это в адрес человека, который имя Горчакова увековечил в  названии четырех новых видов растений зюнгорской флоры. В письме Горчаков пишет:

Милостивый государь Григорий Силыч!

Прогневать меня Вы не могли, потому что с Вами никакого дела не имел, да если бы и огорчили, то не позволил бы себе выслать Вас из вверенного мне края по моему произволу. Выпроводил я Вас из Семипалатинска по приглашению г. Министра внутренних дел, основанному наипаче на непосредственном требовании г. Министра финансов. Следовательно, сетовать должны Вы не на меня, а, кажется, собственно на себя.

Бумагою  г. Перовского поручено мне выпроводить вас за пределы Западной Сибири мерами полицейскими, но уважая Вашу просьбу, готов я от сего отступить…и позволить Вам ехать одному, если вы назначите  мне тракт, которым намерены следовать, для помещения в подорожной. Приемлю честь предупредить Вас, что если Вы остановитесь в пределах вверенного мне края, я найдусь вынужденным возобновить неприятное Вам распоряжение.

Примите уверения моего почтения».

В июне 1845 года Карелин  был выслан из Семипалатинска в сопровождении полицейского офицера. Тройка лошадей резво бежала по почтовому тракту мимо полосатых верстовых столбов. Ямщики, понукая лошадей, торопились быстрее вывезти Карелина за пределы владений князя Горчакова. Карелин с грустью смотрел на пробегающие мимо невысокие холмы, сопки, колки леса, вглядывался в степные дали, вспоминая прожитые здесь годы активной работы. Больше сюда он уже никогда не вернется.

1845 год остался памятен не только печальным событием – высылкой Г.С.Карелина из Семипалатинска. Спустя три месяца, а точнее 13 сентября в Петербурге, на квартире у писателя В.И.Даля, собралась группа известных в научном мире людей – географ К.И.Арсеньев, мореплаватель Ф.П.Врангель, астроном В.Я.Струве и другие известные в России люди. В тот день они создали Русское географическое общество, которое в последующие десятилетия  внесет огромный вклад в познание и исследование земли, в особенности Центральной Азии. Дело, начатое Г.С.Карелиным,  продолжит  путешественник и этнограф Чокан Валиханов. В статье «Очерки Джунгарии» Чокан Валиханов среди первоисследователей флоры Джунгарии в числе   первых отметил Г.С.Карелина.

«Трудно было видеть отца нежнее, семьянина счастливее», -  вспоминала позднее о возвращении отца Софья Карелина. Зимой Карелин наезжал в Москву, бродил по улицам, заглядывал в книжные лавки в поисках книг о природе, ходил с семьей в театр. Но эта спокойная, внешне счастливая, размеренная жизнь его тяготила. Беспокойная его душа по-прежнему была в далекой Центральной Азии, на перевалах гор Алтая и Зюнгории, страстно рвалась в дорогу, в неведомые дали. К новым находкам и открытиям.

В январе  1852 года, полный сил и жажды странствий, он посылает в Русское географическое общество предложение совершить ряд новых путешествий: из Петропавловска через Коканд в Бадахшан, для исследования новых земель, гор, заключающих в себе  рубиновые копи; из Петропавловска через Коканд или Семипалатинск, мимо горячего озера  Эсмы к дикокаменным киргизам; во внутреннюю Туркмению для осмотра всего протяжения древнего Оксута или Аму-Дарьи; к верховьям Черного или Китайского Иртыша, исследовать пространство между Становым хребтом и Амуром; на Камчатку, острова Восточного океана и Русско-Американские колонии.

Рассмотрев предложения Г.С.Карелина Географическое общество согласилось споспешествовать в совершении им путешествия в Чукотскую землю – крайнюю оконечность Азии, путешествия  «сопряженного со многими трудностями, лишениями и опасностями».  Однако. Этот ответ задержался и Карелин предложил свои услуги Московскому обществу испытателей природы, которое оказало ему материальную помощь в размере 400 рублей.

« С этими средствами, - пишет в дневнике Карелин, - я готовлюсь пуститься в половине  апреля к устью реки Урал  и  по Северным прибрежьям Каспийского моря с целью произвести исследования по зоологии, ботанике и палеонтологии,  повторить и сравнить результаты наблюдений над колебаниями магнитного маятника и уровнем Каспийского моря, произведенных мною  ровно за 20 лет перед сим, в 1832 году, когда я составлял подробную карту с промерами северо-восточной части этого моря. На прогоны и разъезды мне достанет. А уж об удобствах или  еще менее о комфорте я забыл, и думать, с давнего времени приучившись отказывать себе во всем».